Las hortalizas de raíz crecen fácilmente en suelos profundos, compactos y bien drenados. Para evitar que el follaje crezca demasiado y en detrimento de la parte subterránea, hay que tener cuidado de que el suelo no sea demasiado rico en nitrógeno. Algunas hortalizas de raíz agotan el suelo, como los nabos, el colinabo o las alcachofas de Jerusalén. Conviene añadir un fertilizante después del cultivo. Del mismo modo, las aliáceas (ajo, cebolla, chalote) producen una gran cantidad de toxinas, por lo que se recomienda no cultivarlas 2 años seguidos en el mismo lugar.